Toğrul Atakişiyev öz istəyi ilə 2020-ci il sentyabrın 27-də Azərbaycan Silahlı Qüvvələri tərəfindən Ermənistan işğalı altında olan ərazilərin azad edilməsi və Azərbaycanın ərazi bütövlüyünün bərpa olunması üçün başlanan Vətən müharibəsinə qatılıb, Hadrut qəsəbəsinin azadlığı uğrunda gedən döyüşlərdə iştirak edib.

Toğrul Atakişiyev oktyabrın 21-də Hadrut döyüşləri zamanı şəhid olub. Beyləqan şəhərində dəfn olunub.

Azərbaycanın ərazi bütövlüyünün təmin edilməsi uğrunda döyüş əməliyyatlarına qatılan və hərbi hissə qarşısında qoyulmuş tapşırıqların icrası zamanı vəzifə borcunu şərəflə yerinə yetirdiyi üçün Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyevin 15.12.2020-ci il tarixli Sərəncamına əsasən Toğrul Atakişiyev ölümündən sonra "Vətən uğrunda" medalı ilə təltif edildi.