Əmirağa Ağayev 2002-ci il mayın 29-da Şabran rayonunun Surra kəndində dünyaya göz açıb. Orta məktəbi bitirdikdən sonra Əmirağa 2020-ci ilin iyul ayında hərbi xidmətə yollanıb.
Azərbaycan Ordusunun əsgəri kimi Əmirağa Ağayev 2020-ci il sentyabrın 27-də başlayan Vətən Müharibəsində iştirak edib. Ailəsi ilə sonuncu dəfə 11 oktyabr tarixində əlaqə saxlayan Əmirağa Füzulinin azad edilməsi uğrunda gedən döyüşlərdə döyüş tapşırığını yerinə yetirərkən şəhid olub.
Uzun müddət itkin olaraq axtarılan Əmirağa Ağayevin nəşi 2021-ci ilin fevralın 10-da tapılıb və bir gün sonra Şabranın Şəhidlər Xiyabanında dəfn edilib. Şəhidin dəfn mərasimində Şabran Rayon İcra Hakimiyyətinin rəhbərliyi, hüquq-mühafizə orqanlarının əməkdaşları, hərbçilər və rayon ictimaiyyəti iştirak edib.
Prezident İlham Əliyevin sərəncamları ilə Əmirağa Ağayev ölümündən sonra "Vətən uğrunda" və "Xocavəndin azad olunmasına görə" medalları ilə təltif edilib.