Ceyhun Əyyubov 2015-2018-ci illərdə Azərbaycan Silahlı Qüvvələrinin Daşkəsən rayonunda yerləşən "N" saylı hərbi hissədə xidmət edib. 2018-2020-ci illərdə Tovuz rayonunda yerləşən "N" saylı hərbi hissədə xidmət edib, 2020-ci ildə isə yenidən Daşkəsən rayonunda yerləşən "N" saylı hərbi hissədə xidmətinə davam edib. Həmlə bölüyünün Komandiri idi.

Azərbaycan Ordusunun baş leytenantı olan Ceyhun Əyyubov 2020-ci il sentyabrın 27-də başlanan Vətən müharibəsi zamanı Murovdağ istiqamətində gedən döyüşlərdə savaşıb. Ceyhun Əyyubov sentyabrın 27-də Murovdağ döyüşləri zamanı şəhid olub , nəşi isə neytral ərazidə qalıb. Oktyabrın 11-də nəşi qarşı tərəfdən götürülüb və ailəsinə təhvil verilib. Bir gün sonra isə Yevlax şəhərinin Şəhidlər Xiyabanında dəfn olunub.

Azərbaycanın ərazi bütövlüyünün təmin edilməsi uğrunda döyüş əməliyyatlarına qatıldığı və hərbi hissə qarşısında qoyulmuş tapşırıqların icrası zamanı vəzifə borcunu şərəflə yerinə yetirdiyi üçün Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyevin 15.12.2020-ci il tarixli Sərəncamına əsasən Ceyhun Əyyubov ölümündən sonra "Vətən uğrunda" medalı ilə təltif edilib.

Azərbaycan ərazilərinin işğaldan azad olunması zamanı döyüş tapşırıqlarını yerinə yerinə yetirən zaman mərdliyin və igidliyin göstərilməsinə görə Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyevin 18.12.2020-ci il tarixli Sərəncamına əsasən Ceyhun Əyyubov ölümündən sonra "İgidliyə görə" medalı ilə təltif edilib.

Azərbaycanın Kəlbəcər rayonunun işğaldan azad edilməsi uğrunda aparılan döyüş əməliyyatlarına qatılaraq şəxsi igidlik və şücaət nümayiş etdirdiyinə görə Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyevin 29.12.2020-ci il tarixli Sərəncamına əsasən,Ceyhun Əyyubov ölümündən sonra "Kəlbəcərin azad olunmasına görə" medalı ilə təltif edilib.