Elşən Abdullayev 2014-2015-ci illərdə Azərbaycan Silahlı Qüvvələrinin sıralarında müddətli həqiqi hərbi xidmətdə olub. Daha sonra isə Azərbaycan Silahlı Qüvvələrinin Tovuz rayonunda yerləşən "N" saylı hərbi hissəsində əvvəlcə "leytenant" , sonra isə "baş leytenant" hərbi rütbəsində xidmət edib.

Azərbaycan Ordusunun baş leytenant olan Elşən Abdullayev 2020-ci il sentyabrın 27-də Azərbaycan Silahlı Qüvvələri tərəfindən Ermənistan işğalı altında olan ərazilərin azad edilməsi və Azərbaycanın ərazi bütövlüyünün bərpa olunması üçün başlanan Vətən müharibəsi zamanı Şuşanın azadlığı uğrunda gedən döyüşlərdə iştirak edib. Elşən Abdullayev noyabrın 9-da Şuşa döyüşləri zamanı şəhid olub. Gəncə Şəhidlər Xiyabanında dəfn olunub.

Azərbaycanın ərazi bütövlüyünün təmin edilməsi uğrunda döyüş əməliyyatlarına qatılan və hərbi hissə qarşısında qoyulmuş tapşırıqların icrası zamanı vəzifə borcunu şərəflə yerinə yetirdiyi üçün Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyevin Sərəncamına əsasən Elşən Abdullayev ölümündən sonra "Vətən uğrunda" , "Döyüşdə fərqlənməyə görə", "Şuşanın azad olunmasına görə" və "Kəlbəcərin azad olunmasına görə" medalları ilə təltif edilib.