2009-cu ildən Müdafiə Nazirliyində müxtəlif vəzifələrdə xidmət etmiş, çalışqanlığı, bacarığı və intizamı sayəsində tabor komandiri vəzifəsinə qədər yüksəlib. Vətən müharibəsindən sonra Ermənistanla dövlət sərhədinin mühafizəyə götürülməsi ilə əlaqədar Dövlət Sərhəd Xidmətinin tərkibinə verilən N saylı hərbi hissənin tabor komandiri vəzifəsində xidmətini bir sərhədçi olaraq davam etdirib. Tez bir zamanda yeni şəraitə uyğunlaşan Sərxan yeni xidmət yerində əzmkarlıq göstərib, qarşıya qoyulmuş tapşırıqların öhdəsindən bacarıqla gəlib, tabeliyində olanları qətiyyətlə idarə edərək öz xidməti ilə şəxsi nümunə göstərib.

Azərbaycan Ordusunun mayoru olan Sərxan Muxtarov 2020-ci il sentyabrın 27-də Azərbaycan Silahlı Qüvvələri tərəfindən Ermənistan işğalı altında olan ərazilərin azad edilməsi və Azərbaycanın ərazi bütövlüyünün bərpa olunması üçün başlanan Vətən müharibəsində iştirak edib. Füzulinin, Cəbrayılın, Qubadlının, Laçının və Zəngilanın azadlığı uğrunda gedən döyüşlərdə vuruşub.

Vətən müharibəsi bitdikdən sonra Qubadlı rayonunda xidmətini davam etdirən tabor komandiri Sərxan Muxtarov 2021-ci il yanvarın 12-də həmin yerdə vəzifə başında minaya düşərək şəhid olmuşdur. Sürücüsü əsgər Məcid Səfərov isə həmin hadisədə ağır yaralanmış və xəstəxanaya yerləşdirilib.

Sərxan Muxtarov Gəncə Şəhidlər Xiyabanında dəfn edilib. Dəfn mərasimində Gəncə Şəhər İcra Hakimiyyətinin başçısı Niyazi Bayramov, Türkiyənin Gəncədəki Baş konsulu Zeki Öztürk, hüquq-mühafizə orqanlarının rəhbərləri, digər rəsmilər və şəhər ictimaiyyətinin nümayəndələri iştirak ediblər. N.Bayramov şəhid Sərxan Muxtarovun atasına üç rəngli dövlət bayrağını təqdim edib.

Azərbaycanın ərazi bütövlüyünün təmin edilməsi uğrunda döyüş əməliyyatlarına qatılan və hərbi hissə qarşısında qoyulmuş tapşırıqların icrası zamanı vəzifə borcunu şərəflə yerinə yetirdiyi üçün Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyevin 2021-ci il 24 iyun tarixli Sərəncamına əsasən Sərxan Muxtarov ölümündən sonra "Vətən uğrunda" medalı ilə təltif edilib.

Ailəli idi, bir qız övladı əmanət qalıb.