2010-cu ildən Şamil vətənə xidmət etməyə başlayıb. Şamilin ilk xidmət yeri Daxili Qoşunların Xüsusi Təyinatlı dəstəsi olub. Hərbi sirləri dərindən öyrənmək və zabit olmaq üçün 2012-ci ildə Daxili Qoşunların Ali Hərbi məktəbinə qəbul olub. 2014-cü ildə buranı bitirdikdən sonra xüsusi təyinatlı dəstənin “Atəş Təminat qrupunun” komandiri vəzifəsinə təyin edilib. Bununla da o, zabit kimi vətəninə şərəflə, ləyaqətlə xidmət etməyə başlayıb.

Zabit Şamil Babayev 2018-ci ildən Türkiyədə xüsusi təlimlərə cəlb edilib. 2020-ci ildə kapitan hərbi rütbəsi alıb. Türkiyədə və Azərbaycanda müxtəlif fəxri fərmanlar və “Qüsursuz Xidmətə görə” medalı ilə təltif edilib.


Qəhrəman zabit Füzuli, Hadrut və Şuşa istiqamətində gedən döyüşlərdə xüsusi şücaət göstərib. Füzuli istiqamətində döyüşərkən atəş təminat qrupu və onun komandiri Şamil Babayev puskuya düşüblər. Zabitin döyüş yoldaşları qeyd edir ki, ətraf düşmənlə əhatələndiyindən pusqudan çıxmaq çox çətin olub. Lakin peşəkar komandir öz heyəti ilə birlikdə döyüşərək düşməni məhv edib, pusqunu dağıdıb. Komandir və heyəti 5 gün keçilməz yolları qət edərək, gizli meşə yolları ilə Şuşaya çatıb.


Noyabrın 5-i Şuşa uğrunda döyüşlər başlayanda Azərbaycan ordusunu bölmələri müxtəlif qruplara bölünərək şəhərə fərqli istiqamətlərdən hücuma keçiblər. Noyabrın 7-də döyüş zamanı minamyotdan açılan atəş nəticəsində kapitan Babayev bir neçə yerdən yaralanıb. Yoldaşları onu döyüşdən çıxarmaq istəsələr də, komandir heyətini tək qoymaq istəməyib, yaralı halda döyüşə davam edib. Lakin aldığı yaralar ona Şuşanın azad edilməyini görməyə imkan verməyib, Şamil şəhidlik zirvəsinə ucalıb.

Noyabr 13-də qəhrəmanın nəşini bütün Naxçıvan böyük izdihamla qarşılayıb. Şəhidlik zirvəsinə yüksələn Şamil Babayev doğulub boya-başa çatdığı Camaldın kəndində dəfn edilib. Ölümündən sonra “Zəfər” ordeni , “Vətən uğrunda” , “Füzulinin azad olunmasına görə” , “Şuşanın azad olunmasına görə” medalları ilə təltif edilib.

Şamil Babayevin döyüş yoldaşlarından istədiyi yeganə arzusu olub: “Şəhid olsam, qəlbimin üstündə daşıdığım bayrağı məzarımda başımın altına qoyarsınız”. Şəhidimizin bu arzusu yerinə yetirilib. Onun sevdalısı olduğu, uğrunda can verdiyi, üstündə daşıdığı bayrağı bu gün onun məzarı üzərindədir.